Je nach Struktur und Nährstoff kann die Verdauung des Kaninchens bis zu 10 Tagen dauern. Grob strukturierte und weniger wertvolle Nährstoffe werden bereits nach 4-6 Stunden wieder ausgeschieden, der Hauptteil des Futters nach rund 5 Tagen und die letzten Bestandteile nach ca. 10 Tagen.
Bei Kaninchen wird die Nahrung im Darm nicht wie beim Menschen durch die Darmperistaltik weitergeleitet sondern im wesentlichen durch die nachkommende Nahrung. Man spricht daher von einem Stopfdarm. Dies ist ein Grund, warum Kaninchen nie fasten sollten. Denn die Muskulatur des Darms ist zu schwach, um die Nahrung selbst weiter zu transportieren.
Eine weitere Besonderheit ist die Funktion des Dickdarms, genauer gesagt des Blinddarms: Die hier angesiedelten Bakterien (Laktobazillen) sind lebensnotwendig für die Aufspaltung und Bildung von Vitaminen. Als so genannter vitaminisierte „Blinddarmkot“ scheiden die Kaninchen unverdaute Pflanzenreste mit lebensnotwendigen Vitaminen und Bakterienkulturen aus, der dann direkt am After vom Kaninchen wieder gefressen wird und unzerkaut heruntergeschluckt wird (Putzbewegungen).
Die im Kot enthaltenen Bakterien sind weiterhin wirksam bei der Vitaminaufspaltung. Dieser Prozess heißt Caecotrophie (Caecum = Dickdarm). Durch dieses Verhalten kann das Kaninchen die Nahrung besser verwerten, also mehr Nährstoffe aus dem Futter aufnehmen.
Im Unterschied zu den eher dunklen und festeren Kotpellets erkennt man Blinddarmkot daran, dass die Bällchen in der Regel eher weich, hell, feucht und mit einer Schleimschicht umgeben sind. Blinddarmkot wird meistens in Ruheperioden gebildet. Etwa ein Drittel der gesamten Kotmenge ist Blinddarmkot, meist sieht der Tierbesitzer den Kot im Stall nicht, da er sofort gefressen wird.
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